Es ist das Jahr 2018: die Welt liegt nach dem jüngsten Tag in Schutt und Asche. Die Maschinen von Skynet versuchen, die übriggebliebenen Menschen zu vernichten. John Connors Schicksal ist es, den Widerstand der Menschen gegen Skynet und seine Armee von Terminatoren anzuführen. Aber die Zukunft sieht für Connor anders aus als geplant: Marcus Wright taucht plötzlich auf – ein Fremder, dessen letzte Erinnerung ist, dass er zum Tode verurteilt wurde. Connor muss entscheiden, ob Marcus aus der Zukunft entsandt worden ist oder aus der Vergangenheit gerettet wurde. Als Skynet seinen finalen Angriff vorbereitet, begeben sich Connor und Marcus auf eine Odyssee, die sie ins Innere der Organisation von Skynet führt, wo sie das schreckliche Geheimnis hinter der möglichen Vernichtung der Menschheit aufdecken.
Connor ist nicht sofort der Anführer der Menschen und erkämpft sich erst während der Handlung diese Position. Viele Soldaten misstrauen John Connor, weil er viele Informationen über Skynet besitzt. Ein Terminator-Modell der Reihe T-800 (Codename: T-R.I.P.) wird von Skynet dazu entwickelt, um den menschlichen Organismus zu studieren, und führt diese Studien an Gefangenen durch. John Connor erklärt, dass, wenn sie dies zuließen, der Krieg verloren sei: “If we let these things go online, the war is over”.
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